מצוות כלאיים מתייחסת לבעלי חיים, לזריעת השדה ולבגדים, וכפי שנאמר: "את חוקותי תשמורו, בהמתך לא תרביע כלאיים, שדך לא תזרע כלאיים, ובגד כלאיים שעטנז לא יעלה עליך" (ויקרא י"ט, י"ט). התורה קוראת לאיסור זה חוק – מצווה שאין אנו מבינים את טעמה. מהם כלאיים? כאשר אדם כולא – מלשון בית כלא – מין בשאינו מינו.
הציווי הראשון בפסוק: "בהמתך לא תרביע כלאיים" – מתייחס לאיסור לזווג יחדיו שני מינים של בעלי חיים. אם האדם יוצר מין חדש, הוא משנה את סדרי בראשית ומקלקל את המתכונת שעל פיה נברא העולם. הבורא שלא יצר בתחילה מין זה, לא היה מעוניין בו.
יש איסור כלאיים נוסף שנוגע לבעלי חיים, המופיע בספר דברים (כ"ב, י'): "לא תחרוש בשור ובחמור יחדיו". איסור זה ניתן להבנת אנוש מהנימוק של צער בעלי חיים. לשור ולחמור כוחות שונים. השור חורש טוב יותר במישור, ואילו לחמור יש עדיפות במעלה ההר או במדרון. החרישה המשותפת גורמת סבל לשניהם, ועל כן אין לרותמם למחרשה אחת.
הציווי השני: "שדך לא תזרע כלאים" – אוסר על זריעת כלאי שדה ומונע עירוב זרעים של צמחים שונים. איננו מבינים מדוע נאסר עלינו לזרוע חיטה, שעורה וחרצן של ענבים, יחדיו? מדוע אין לערב זרע מן הכרם עם זרע מן התבואות? חוק התורה הוא.
הציווי השלישי מתייחס לבגד כלאיים, הנקרא גם שעטנז. השעטנז הוא בגד ששזורים בו חוטים של צמר ושל פשתים יחדיו, ואסור ללובשו. אסור גם לישון על מזרן שעטנז או לשבת על כורסה מרופדת בבד שיש בו שעטנז. גם איסור זה הוא חוק, ואין אנו יודעים את טעמו.
יש פרשנים שתלו את הסיבה לאיסור זה במלחמה הראשונה בעולם, היא מלחמת קין והבל: "ויהי בהיותם בשדה ויקם קין אל הבל אחיו ויהרגהו" (בראשית ד', ח'). כיצד החלה המריבה הגדולה? קין היה עובד האדמה הראשון בעולם, והבל היה רועה הצאן הראשון. "ויהי מקץ ימים", החליטו השניים להקריב מתוצרתם קורבן לה': "ויבא קין מפרי האדמה מנחה לה'. והבל הביא גם הוא מבכורות צאנו ומחלביהן" (שם ג'-ד'). מנחתו של קין היתה זרעי פשתן. תוצאת הקורבנות היתה: "וישע ה' אל הבל ואל מנחתו. ואל קין ואל מנחתו לא שעה". הדבר עורר את קנאתו של קין, וכתוצאה מכך הוא קם על הבל להורגו.
כדי ללמוד לקח ולהפנים בלב לאן מובילה השנאה, ולמען נזכור עד כמה נוראה היא שנאת אחים, ציוותה עלינו התורה: "לא תלבש שעטנז". את השילוב של צמר – המזכיר את הבל ואת עיסוקו כרועה צאן, ושל פשתים – המזכיר את קין ואת קרבנו, ציוותה עלינו התורה להרחיק. כך נזכור את הפירוד שהיה בין איש הצמר לבין איש הפשתים, ואת האסון שנגרם בעטיו של פירוד זה.
אך יהיה טעמה של המצווה אשר יהיה, אנו מקיימים אותה ונמנעים מללבוש צמר ופשתים יחדיו. הציות לחוקי התורה, נועד לזכך את נשמתנו מסיגי החומר שנדבקו בה, כצורף המזכך את המתכת היקרה מן הפסולת שהתערבה בה והופך אותה לטהורה.
סוד הכלאים טמון במילות הפתיחה של הפסוק הנידון: "את חוקותי תשמורו" (שם). מהו חוק קדום זה?
נאמר במעשה בראשית: "ותוצא הארץ דשא עשב מזריע זרע למינהו, ועץ עושה פרי אשר זרעו בו למינהו" (בראשית א', י"ב). אנחנו רואים את הדשא, את הצמחייה הבוקעת מן הארץ, ושומעים את החוק של "למינו" או "למינהו", השולט בכל הצמחים. איש איש פועל רק למינהו, והוא מתפתח רק בתחום שהוצב למינו. כל מין שומר על כוחותיו רק למינהו. רק שרירות לב האדם כופה עליהם חיבור בלתי טבעי - הווה אומר, חיבור בלתי חוקי...
טעם נוסף, שהוזכר גם לעיל, מובא בספר החינוך (מצוה ס"ב): אדם המרכיב שני סוגי צמחים, יוצר מין שלישי, שאותו לא ברא הבורא בתחילת בריאת העולם. במעשה זה הוא קורא תגר על מעשה בראשית, בהמצאת מין חדש ושונה, שאותו נמנע הבורא מלברוא. העובדה שה' לא ברא את המין, מורה שאמנם אין סיבה לפי החכמה האלוקית שהוא יהיה קיים בעולם.
גם בתערובת צמר ופשתים נוצרת תערובת לא רצויה, שלא אליה התכוון ה' בשעת הבריאה. הוא כאילו מכחיש בכך את פמליה של מעלה, כי שני סוגים אלו אינם מתאחדים לעולם, ויסודותיהם נותרים רחוקים זה מזה.
אדם הלובש שעטנז מרחיק את רחמי הקב"ה מעמו ומעולמו. הוא חוטא בדבר שאין בו תאוה או משיכה לחטא, אלא כפירה בבורא, שהרי אין הנאה כלשהי מלבישת שעטנז. עבירה זו שונה מהעבירות שהאדם מתאווה לעשותן, ומכאן חומרתו הרבה של האיסור.
המקיים את מצוות כלאיים מתחנך לאיפוק ביחסיו עם הטבע הסובב אותו, ליראת כבוד מפני חוקי היקום וליראת כבוד מיוחדת כלפי מחוללם. האדם מפנים את הידיעה שהיקום אינו הדום לשרירות לבו, אלא הוא שדה פעולתו הבלעדי של הבורא שברא אותו וממשיך לקיימו בכל רגע נתון.