הרומאים גזרו גזירות קשות על היהודים כדי שימירו את דתם. מטרתם העיקרית של הרומאים. היתה השמדה רוחנית של עם ישראל. הם הוציאו להורג את עשרת הרוגי מלכות. רבי שמעון בר יוחאי עצמו נרדף על ידם והוצא עליו גזר דין מוות.

כשנודע הדבר לרבי שמעון, ברח עם בנו, רבי אלעזר, והתחבא בבית המדרש, ובכל יום הביאה להם אשתו לחם וכד מים.

כשגברו החיפושים, יצאו רבי שמעון ובנו מבית המדרש והסתתרו במערה ליד כפר פקיעין. ה' עשה להם נס וסמוך למערה בה הסתתרו, נבקע מעיין מים וצמח עץ חרובים.

שתים עשרה שנה ישבו במערה, כשאיש אינו יודע את מקום מחבואם. אליהו הנביא, הגיע אליהם פעמיים ביום ולמד עמם. באותו זמן הגיע רבי שמעון למדרגות נשגבות, ונתגלו לו סתרי תורה ורזין דרזין.

יום אחד קם רבי יוסי בבוקר וראה יונה עפה. מיד קם על רגליו ואמר: "יונה, יונה, הנאמנת בשליחותה מימי המבול! הדיוקן של העם הקדוש לך יאה ולך נאה, שהרי כנסת ישראל נמשלה ליונה. לכי ועשי לי שליחות אחת לבן יוחאי במקום שהוא שם!"

ירדה היונה ונעמדה לפניו. כתב רבי יוסי פתקה, לקחה היונה את הפתקה בפיה, עפה אל רבי שמעון וכשכשה לו בכנפיה. ראה רבי שמעון את הפתקה ובכה, וכך אמר: "בוכה אני על שפרשתי מן החברים, ובוכה אני על הדברים שלא נתגלו להם".

לעת ערב, כתב רבי שמעון פתק ושם אותו בפי היונה. עפה היונה ובאה לרבי יוסי שעמד עדיין במקומו מצפה לתשובה. כשראה אותה, אמר: "יונה, יונה! נאמנת את יותר מכל עופות השמים!" לקח ממנה את הפתק ונכנס לחברים לספר להם את המעשה. למשמע הדברים תמהו החברים מאד.

בכה רבי יהודה ואמר: "אף על פי שאין אנו יודעים היכן הוא נמצא, מקום שבן יוחאי שם, החברים עמו ומתעוררים על ידו ולומדים ממנו. אשרי נפשו של בן יוחאי, שהקדוש ברוך הוא עושה עמו ניסים. הוא גוזר והקב"ה מקיים. ועתיד להיות ראש לצדיקים היושבים בגן עדן, יקבל פני השכינה, יראה את הקב"ה, ישתעשע עם הצדיקים ויאמר להם: 'באו ונשתחווה ונכרעה, נברכה לפני ה' עושנו'" (תהלים צ"ה, ו').

לאחר שעברו שתים עשרה שנה, מת מלך רומי וגזירת המוות שריחפה על רבי שמעון התבטלה. אולם לא היה מי שיודיע על כך לרבי שמעון בר יוחאי. נעמד אליהו בפתח המערה ואמר: "מי יודיע לבן יוחאי שהמלך מת וגזרותיו התבטלו?" שמעו זאת רבי שמעון ובנו ויצאו מהמערה.

בצאתם מהמערה, ראו בני אדם חורשים וזורעים את שדותיהם. התפלא רבי שמעון על בני האדם שנוהגים כמנהגם, ואמר: "כיצד מניחין הללו חיי עולם ועוסקים בחיי שעה?" כל מקום שנתנו בו עיניהם, מיד נשרף. יצאה בת קול ואמרה: "האם יצאתם מהמערה כדי להחריב את עולמי? חזרו למערתכם!"

חזרו רבי שמעון ובנו למערה וישבו שם שנה נוספת. נענה רבי שמעון ואמר: "כבר נענשנו דיינו, כי גם משפט רשעים בגיהנום אינו מעבר לשנים עשר חודש". יצאה בת קול ואמרה: "צאו ממערתכם!"

רבי שמעון ובנו היו תשושי כח וגופם העלה חבורות ופצעים בגלל שהותם במערה. כששמע רבי פנחס בן יאיר, חותנו של רבי שמעון, שהוא ובנו יצאו מהמערה, הלך לקבל את פניהם והביאם לטבריה כדי שירחצו בחמי טבריה. הכניסם לבית המרחץ וסך ורחץ את גופם במים ובשמן. כשהבחין רבי פנחס שכל גופם מלא בסדקים ובבקעים, החל לבכות מרוב צערו, ודמעותיו נשרו על פצעיו של רבי שמעון והכאיבו לו מאד. אמר רבי פנחס: "אוי לי שראיתי אותך פצוע ומוכה!"

ענה לו רבי שמעון: "אשריך שראיתני בכך, שאלמלא ראית אותי כן, לא היית מוצא בי כל כך הרבה תורה!"

רבי שמעון חיבר את ספרו המפורסם "הזוהר הקדוש", הנקרא גם "מדרש יהי אור", יחד עם תלמידיו, לאחר ששהה שלוש עשרה שנה במערה. כמו כן חיבר רבי שמעון את חיבורו "רעיא מהימנא", על שם משה רבינו הרועה הנאמן ו"ספרא דצניעותא", חמשה פרקים כנגד חמישה חומשי תורה.

רבי שמעון כתב את ספר הזוהר על כל עשרים וארבעה ספרי התנ"ך, אולם לדאבוננו, נותרו לנו מכתביו רק על חמישה חומשי תורה.

ביום פטירתו השמש נטתה לשקוע. התחזק רבי שמעון, וכששפתיו רוחשות תפילה, פתח ואמר: "כל ימי ביקשתי לגלות רז זה, ולא עלה בידי, ורק עתה ניתנה לי רשות. הריני גוזר שלא יחשיך יום זה ככל הימים, שהרי יום זה כולו ברשותי הוא, והריני מתחיל לגלות בו נסתרות".

רבי שמעון ישב ודרש, רבי אבא ישב לפניו וכתב, ורבי אלעזר חזר על הדברים. כל התלמידים שהיו עימו שמעו והתפעמו, אש ליהטה סביבם והשמש לא שקעה. רבי שמעון גילה סתרי תורה מכבשונה של תורת הרז, עד שהגיע לפסוק: "כי שם ציוה ה' את הברכה חיים עד העולם".

אמר רבי אבא: "לא סיים רבינו הקדוש לומר: 'חיים', עד שנחלשו דבריו. אני שכתבתי, ביקשתי לכתוב עוד, ולא שמעתי, ולא נשאתי את ראשי, כי הזוהר היה רב, ולא היה ביכולתי להסתכל. כאשר שמעתי בת קול הקוראת ואומרת: 'אורך ימים ושנות חיים ושלום יוסיפו לך', הזדעזעתי. שמעתי קול אחר: 'חיים שאל ממך, נתת לו, אורך ימים עולם ועד'. כל אותו היום לא פסקה האש מהבית, ולא היה מי שיתקרב אליו, כי סובבהו האור והאש.

כל אותו היום נפלנו לארץ ובכינו. לאחר שפסקה האש, ראינו לרבנו הקדוש, קודש הקודשים, שהסתלק מן העולם - עטוי בלבושו, שוכב על ימינו, ופניו מחייכות. קם רבי אלעזר בנו, נטל ידיו ונשק להן. ביקשו החברים לבכות ולא יכלו לדבר. קם רבי חייא על רגליו ואמר: 'עד עתה רבנו הקדוש פעל בשבילנו, עתה הזמן לפעול בשבילו'. קמו רבי אלעזר ורבי אבא והוציאו את מיטתו. החלה המיטה פורחת באויר, ואש מלהטת לפניה. והכל שמעו בת קול האומרת: 'עלו ובואו והתאספו להילולא דרבי שמעון, יבוא שלום ינוחו על משכבותם'".

"כאשר נכנס למערה, שמעו קול במערה: 'זה האיש מרעיש הארץ, מרגיז ממלכות. כמה גזרות הומתקו ביום זה בגללך! אתה הוא רבי שמעון בר יוחאי, שבוראו מתפאר בו בכל יום! אשרי חלקך, כמה עולמות עליונים נשמרו בשבילך. עליך נאמר: 'ואתה לך לקץ ותנוח, ותעמוד לגורלך לקץ הימין!"

רבי שמעון בר יוחאי נפטר ביום ל"ג בעומר, שנת ג' אלפים תתק"כ ונקבר במירון. לזכר האש הגדולה שליהטה בבית כל אותו יום, ולאורה נאמרו סתרי התורה, נוהגים בכל תפוצות ישראל להדליק מדורות ולשיר לאורן את הפיוט המפורסם: "בר יוחאי, נמשחת, אשריך, שמן ששון מחבריך".