התורה ציוותה לספור חמישים יום, כנאמר: "וספרתם לכם ממחרת השבת... שבע שבתות תמימות" (ויקרא כ"ג, ט"ו), חכמינו בארו שמתחילים לספור ממחרת יום-טוב ראשון של פסח, ט"ו בניסן. יום זה נקרא בפסוק 'שבת' כי שובתים בו ממלאכה.

הצדוקים שחיו בתקופת הבית השני אשר את התורה כהבנתם וטענו שהואיל ובפסוק נכתב 'שבת', הכוונה ליום השביעי שחל בכל שבוע. לדעתם, מתחילה הספירה ביום ראשון בשבוע שלאחר שבת זו. ואמנם הם ספרו את ספירת העומר החל מיום ראשון, בין אם הוא חל בט"ז בניסן ובין אם הוא חל בימים שאחריו. חכמי ישראל (מנחות ס"ה–ס"ו) לחמו כנגדם והוכיחו שכוונת התורה היא שתחילת הספירה תהא למחרת יומו הראשון של חג הפסח.

כידוע, טעו הצדוקים במצוות נוספות ועיוותו את כוונת התורה במקרים לא מועטים. הם הניחו את התפילין בין עיניהם, היו תולים את הציצית על קירות בתיהם ועוד. בכל המקרים הללו לא טרחו רבותינו להוכיח את טעותם. אם כן, במה שונה ספירת העומר?

בויכוח על היום שבו מתחילים לספור את העומר היה טמון יסוד דרכם של הצדוקים, ולכן ראו חכמים צורך להילחם נגדם כדי לגלות את שורש טעותם , וגם ללמד את העם את המבנה של יסודות היהדות.  יעוד הספירה הוא ליצור קשר בין פסח לשבועות. מטרתה להציב תכלית ויעד לחרות שזכו בה בני ישראל בצאתם מארץ מצרים. הספירה מורה שחרות גשמית אינה מטרה בפני עצמה. היא משמשת אמצעי להגיע למטרה עליונה שלמענה התרחשה הגאולה ממצרים, וכדברי הפסוק: "וזה לך האות, בהוציאך את העם ממצרים, תעבדון את האלוקים על ההר הזה" (שמות ג', י"ב).

מטרה נוספת למצות הספירה: לקשור את קציר השעורים שמתחיל בזמן הפסח, למנחת החיטים שהקרבתה מתחילה בחג השבועות, משהבשילה החיטה החדשה. וכך נאמר: "וספרתם לכם ממחרת השבת, מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה, עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום, והקרבתם מנחה חדשה לה'" (ויקרא כ"ג, ט"ו).

ואמנם, בטעם מצוות העומר כתב בספר החינוך (מצווה ש"ג): "לפי שעיקר מחייתן של הבריות היא בתבואות, ועל כן ראוי להקריב מהן קרבן לה' אשר נתנם, טרם ייהנו מהן בריותיו". הקרבן בא להודות לה' על ברכתו.

מטרת הספירה היא לחבר את חגי הטבע למתן תורה, ולהדגיש שהמזון שניתן לנו הוא אמצעי לעבודת ה'. באופן זה נפנים שהחומריות אינה מטרה בפני עצמה, אלא היא אמצעי למטרה עילאית שהיא התורה.

בהבנת משמעות המילים: "ממחרת השבת" טמונה ההבנה ליסודות אלו.

כשהמילים "ממחרת השבת" מקבלות את פירושן המקובל, ממחרת יום טוב ראשון של פסח, והספירה מתחילה באופן קבוע מט"ז בניסן, יחול חג השבועות תמיד בסוף חמישים יום , בדיוק בתאריך שבו היה מתן תורה, ב-ו' בסיוון. ואז תושגנה שתי המטרות במלואן.

באופן זה חג הפסח הוא אמצעי למתן תורה, באופן זה קציר השעורים בט"ז בניסן ומנחת החיטים בחג השבועות מתחברים למתן תורה, וקיימת זיקה רוחנית ביניהם.

קשר זה רצו הצדוקים לנתק. כוונתם היתה להפריד בין הצד הרוחני של החיים לבין הצד החומרי שלהם - בין התורה לבין הטבע.

לשיטתם מתחילה הספירה ממחרת השבת הראשונה שחלה באחד מימי חג הפסח, וזוהי שבת רגילה כבכל שבוע. באופן זה מתקיימת ספירת הימים בין חגי הטבע בלבד. סופרים ממנחת העומר – למנחה החדשה ולחג הביכורים, ללא קשר למתן תורה.

תכליתה של ספירה זו, לדעתם, היא להדגיש את חשיבותו של הטבע שמספק לנו את המזון הבסיסי לקיומנו באופן קבוע, ולהמעיט בערכה של התורה.

באופן זה מתבטל גם הרעיון שתכלית החרות הפיזית שהשגנו בפסח, היא לצורך מתן תורה. ומעתה, לדעתם, עומד חג הפסח כחג בפני עצמו לציון החרות הפיזית שהשגנו במצרים, בדומה לכל אומה הקובעת יום חג בתאריך שחרורה מעול זרים.

לשיטתם, עם ישראל דומה לכל אומה ולשון. פסח הוא "יום העצמאות", שבו השתחררנו מעול זרים ונהיינו לעם ככל אומה ולשון. שבועות הוא חג המנציח את חוקי הטבע, את חג הקציר ואת חג הביכורים. ספירת העומר - מטרתה לחבר את חגי הטבע, מפני חשיבותו ומעלתו של עולם החומר.

הצדוקים טענו שלכל אומה מאומות העולם קיימת מסגרת של חוקים בסיסיים שמטרתם ניהול תקין של החברה. מסיבה זו משתנים החוקים  מתקופה לתקופה  בהתאם שינוי צרכי התקופה. גם לעם היהודי יש תורה שבכתב המשמשת כחוק בסיסי, והפרשנות תינתן בכל דור ודור לפי צרכיה של התקופה.

לפי תפיסתו של עם ישראל המציאות שונה לחלוטין. ספירת העומר מתחילה ביום טוב ראשון של פסח, ומטרתה לגלות שפסח - חג חרותנו, מהווה שלב הכנה לתכלית - לחג השבועות, זמן מתן תורתנו. הפסוקים מגלים גילוי נוסף: באותו הרגע שבו הם קבלו את התורה, הם נהיו לעם, וכדברי הפסוק (דברים כ"ז, ט'): "היום הזה נהיית לעם לה' אלוקיך". הדבר ארע כארבעים שנה לפני כניסתם לארץ. הם נהיו לעם על ידי המצוות, וכדבריו של ר' סעדיה גאון: "שאין אומה זו אומה אלא בתורתה".

כדי שכל העם בכל הדורות יהיו מאוחדים סביב המצוות, חייבת הפרשנות לתורה שבכתב לבוא מן השמים. אם כל אחד יפרש את התורה לפי הבנתו, אין יותר פעולות משותפות שיאחדו את העם לעם אחד. ואמנם, עם קבלת התורה שבכתב קיבלנו גם את התורה שבעל פה המפרשת את אופן קיום המצוות בצורה מדוייקת ובלתי משתנה.