לבני ישראל במדבר סיני היה מזון בשפע, המן ירד בקביעות מן השמים, וגם מים לא חסרו להם, שהרי בארה של מרים היתה מהלכת עימם. מה אם כן היה היסוד לתלונתם: "כי אין לחם ואין מים, ונפשנו קצה בלחם הקלוקל" (במדבר כ"א, ה')?

המן, מזונם של בני ישראל במדבר, היה ניתן להם מדי יום ביומו, אך הם חיו במתח מתמיד, משום שהיה עליהם להיות ראויים לקבל את מנת מזונם היומית. הצדיקים מצאו את המן מדי בוקר על פתחי אהליהם, והאחרים מצאוהו רחוק יותר. החוטאים הרחיקו נדוד עד למציאת מנת המן. המתח הרוחני שהיו שרויים בו, הפריע להם. כל עוד חיו ישראל במדבר, מנותקים מכל מגע עם אומות אחרות, נוח היה להם בצורה שחיו בה, אולם כאשר התקרבו לארץ אדום וראו את צורת חייהם, הם התעוררו להתלונן על ההנהגה העל טבעית שהיו תלויים בה.

עונשם לא אחר לבוא: "וישלח ה' בעם את הנחשים השרפים, וינשכו את העם" (במדבר כ"א, ו'). לשון הכתוב: "הנחשים השרפים" בה"א הידיעה, מדגיש שהיו אלו הנחשים והשרפים שליוו אותם כל ימי היותם במדבר, וכפי שכתוב: "המוליכך במדבר הגדול והנורא, נחש, שרף ועקרב וצימאון" (דברים ח', ט"ו). נחשים ושרפים אלו לא הזיקו להם עד כה, שכן בני ישראל היו מוגנים על ידי ענני הכבוד. אך לאחר שחטאו, שוב לא סוככו העננים על העם.

משה נצטווה לשים נחש שרף מנחושת על נס: "ויעש משה נחש נחושת וישימהו על הנס, והיה אם נשך הנחש את איש, והביט אל נחש הנחושת וחי" (במדבר כ"א, ט'). מטרת הצבתו של נחש הנחושת על הנס היתה להמחיש לעם שהנחש אינו תופעה חדשה, אלא הוא מצוי בקביעות ביניהם. תמיד הם מוקפים ומסובבים בנחשים אלו, ואלמלא נסי הקב"ה לא היתה להם תקוה.

הבורא ביקש להוכיח להם שגם רפואתם תבוא מן השמים בדרך נס. הם למדו שלא הנחש ממית, ולא השרף מחיה, אלא הקב"ה הוא המחיה ומצמיח הישועה.

רש"י מסביר מדוע בחר הקב"ה להענישם באמצעות הנחשים השרפים דווקא

"יבוא נחש שלקה על הוצאת דיבה, וייפרע ממוצאי דיבה. יבוא נחש שכל המינים (כל סוגי המאכלים) נטעמים לו טעם אחד (טעם עפר), ויפרע מכפויי טובה, שדבר אחד משתנה להם לכמה טעמים.

עונשו של הנחש לאחר החטא הקדמון היה שינוי באיכות מזונו, עד אז היה מאכלו כמאכל שאר הנבראים, אולם לאחר החטא התקלל הנחש שהוא יחוש טעם עפר בכל מאכל. פרט זה הזכיר לעם שתלונתם נסבה אודות המזון.

באותה השעה היה חטאם של בני ישראל בכפליים, כפי שמעיד הכתוב (במדבר כ"א, ה'): "וידבר העם באלוקים ובמשה". הפגיעה היתה גם כלפי מעלה וגם במשה רבינו. בהתאם לכך הם נושכו על ידי נחשים שרפים. הנחש מסמל את הנחש הקדמוני, המסית למרידה במלכו של עולם, והשרף מזכיר את הפגיעה בתלמידי חכמים, שלחישתן לחישת שרף (כמובא במסכת אבות). אמנם הקב"ה הזכיר בהוראתו למשה: "עשה לך שרף", כי הקב"ה פעל למען כבודו של משה, ואילו משה רבינו שם את עיקר הדגש על הנחש, "ויעש משה נחש נחושת", רמז לתיקון הפגיעה בכבוד המקום.

לאחר שכשלו בני ישראל באותה שעה ונלכדו במוקשי החטא, גרם להם חטאם שלא יכלו להסתכל ישירות כלפי מעלה, והם נזקקו לאמצעי, הוא נחש הנחושת, שיעזור להם להתעלות מחטאם ולכוון את ליבם לאביהם שבשמים.

כדי להרפא היו ישראל נדרשים לא רק להביט כלפי מעלה, אלא גם לחדור לשורשי חטאם ולתקנו. ברפואת הגוף לא די להשתמש בתרופות שירגיעו את הכאבים, אלא יש לחשוף את שורשי המחלה ולטפל בה בצורה יסודית, וכך גם במחלות רוחניות. על עם ישראל היה מוטל להיזכר בסיבת החטא שגרמה לו ללקות על ידי הנחשים. חטאם היה במה שנכשלו בלשונם ובדבריהם, ועליהם היה לתקן חטא זה, וכך ניצלו מפגעי הנחשים הממיתים.

ברבות הימים הפך אמצעי הצלה מופתי זה למפגע רוחני, והעם החל להאמין בנחש כבעל כח ריפוי.

כך נשכחה מטרתו העיקרית של הנחש, שהיא הפניית הלב וכל היישות כלפי מעלה. העם ראו בנחש זה סגולה עצמית, ולא אמצעי להחדרת האמונה ללב, ואכן כשבע מאות שנים לאחר יצירת נחש הנחושת, כיתת אותו חזקיהו המלך והשמידו.

בצעד זה הורה חזקיהו שיש "סגולה" אחת, שכוחה יפה לרפא את האדם מכל התחלואים, והיא: להסתכל ישירות כלפי מעלה, ולשעבד את ליבם לאביהם שבשמים, ללא מתווכים וללא אמצעי עזר.