אמונה שנצרפה בכור ההיתוך של השכל הבוחן והבודק, לכאורה, עולה בעצמתה על אמונה פסיבית. אמונה המבוססת על מחשבה קשורה להכרה ברורה. על האדם חייב להשתדל שתהיה הבנתו מזדהה עם אמונתו.

זהו עיקר תפקידה של מחשבת ישראל. היא מזינה את האמונה בהיגיון. כל גדולי המחשבה שעמדו לעמנו, החל מתקופת המשנה והתלמוד ועד לרב סעדיה גאון, הרמב"ם, רבי שלמה אבן גבירול, רבי יהודה הלוי, הרמח"ל ודומיהם, השתדלו להחדיר את המושגים היסודיים של תורת ישראל לתודעתו של האדם באופן שיהיו ברורים, מובנים ומשכנעים באמיתותם. לכן, מוטל על האדם לעמול עד שיזדהה כליל עם העיקרים שהוא מאמין בהם.

כשאנו מעיינים בספרות המחשבה הישראלית, אנו נתקלים בתופעה מעניינת: יחד עם הדרישה לעיון ולמחקר, מדגישים כל חוקרי היהדות את מגבלותיו של האדם ואת חוסר יכולתו להתמודד עם הבעיות המטפיסיות. אין הוא מסוגל להבין את מה שלמעלה מן הטבע. בלשונו של הרמב"ם הדבר נקרא: "קוצר המשיג ועומק המושג". דעתו של האדם הרוצה להשיג - קצרה, ואילו העניינים הרוחניים הם עמוקים מאד, גבוהים ונמצאים מעבר ומעל לזמן ולמקום. האדם החי עלי אדמות, כבול לחושיו, ואינו יכול להשתחרר מהם ולהשיג השגות מופשטות.

אין בקביעה זו משום שלילת הידיעה. האדם יכול לפתח את שכלו, לגלות צפונות ולחבוק עולם ומלואו בשכלו, אך עליו לדעת כי קיים גבול לתפישתו. זהו המיוחד במחשבת ישראל, הקובעת מערכת יחסים מיוחדת בין אמונה, הנובעת ממעמד הר סיני, מהמסורת הרצופה הנמשכת מאז גילוי השכינה לנביאים וכן מקבלת חז"ל ברוח קדשם, מהרגשת הלב של מציאות האלוקים ומקיום המצוות המעשיות בבחינת "נעשה ונשמע", לבין החקירה ההגיונית והאימות השכלי.

כשאנו מעיינים בתולדות הפילוסופיה הכללית, המסתמכת רק על שכלו של האדם, אנו מוצאים יותר סתירות מאשר בנין. הפילוסופיה הכללית מתחילה מן הספק ומחפשת את הוודאי, כשבדרך כלל המטרה הסופית הולכת ומתרחקת.

רבי יהודה הלוי, הידוע כמתנגד לפילוסופיה, מתאר אותה בשיריו כבעלת ציצים ופרחים, אך ללא פירות. הוא מוכיח את עדיפותה של המסורת על הפילוסופיה.

זאת ועוד, כשהאדם מסתמך אך ורק על שכלו ולא על מסורת מקובלת, יוכל תמיד לבוא חוקר שני ולסתור את דבריו. לעומתם, המאמין אינו זז מאמונתו.

רנה דקרט, הנחשב לאבי הפילוסופיה המודרנית, מתחיל את מחקריו משלילה מוחלטת של כל הקיים, ומחליט שרק על ידי חשיבה לוגית יגיע למסקנות. הבסיס שהוא קובע לתורת ההכרה שלו הוא: "אני חושב, מכאן שאני קיים".

ואולם כאן מקור הטעות. בעוד הפילוסוף שאינו מאמין בה', מאמין בכוחו של האדם להבין הכול, ועושה את האדם כקנה מידה מוחלט לכל תפישה, המאמין בה' מרכין את ראשו בענווה ומודה בקטנותו. הוא יודע שכשם שכוחו הפיסי מוגבל, כך מוגבלת תפישתו.

פסקל, תלמידו של דקרט, נוכח בעקרותה של הפילוסופיה וטען שאינה אלא אחיזת עיניים, כי אין בה התחלות מוחלטות. הוא ביטל את הפילוסופיה ונאחז באמונה: "אלוקי אברהם יצחק ויעקב, ולא אלוהי הפילוסופים".

הבחנתו רבת משמעות לגבי האדם, כי בעוד התפישה הפילוסופית אינה מחייבת את האדם לאורח חיים מסוים, ואין ל'אלוהיה' משמעות לגבי תוכנו הנפשי, הרי אלוקי ישראל משמעותו דת, תורה ומצוות, מסעד רוחני יום יומי ואובייקט לתפילה, לתורה ולחשבון נפש.

מחשבת ישראל אינה מתיימרת לפתור את הבעיות שמעבר לתחום ההשגה, אלא היא מתרכזת בבעיות האדם וביחסו לנעלם. היא קובעת כנקודת מוצא, מתוך התבוננות במציאות, את האמונה בקיומו של הבורא המשגיח על כל ברואיו.

עם כל גדלותו ועליונותו פונה הא-ל לבני האדם ושם לב לכל מעשיהם. נושאי שכר ועונש, ידיעה ובחירה ותורת הגמול תופשים מקום נכבד במחשבת ישראל, המוכיחה כי האדם קובע את גורלו ואחראי למעשיו.

מחשבת ישראל מציבה את שאלותיה בתחומי מסגרת נתונה. מסגרת זו כוללת את עקרונות האמונה על פי התורה. היא ממצה את כל הניתן למצות בתוך אותה מסגרת, אך איננה חורגת ממנה. היא נאחזת בתורה ובמצוותיה ובעזרתה מנווטת את דרכה.

רבי נחמן מברסלב תיאר את הדבר במשל. הוא מדמה את החכמה האין סופית לים, ואת חכמת התורה לספינה. הים הוא טוב ונעים, אך גם מסוכן ואכזר. אפשר לשוט בו, להפליג למרחקים וליהנות ממנו, אך אפשר גם לטבוע בו ולהיאבד. יש צורך בספינה טובה שתבטיח את דרכו של האדם ותגן עליו מפני סכנות. הפילוסופיה היא ים סוער רב משברים. בל יעז אדם לקפוץ לתוכו ללא ספינה, פן ייסחף בזרם ויאבד, כלומר, פן תיסתר דעתו ויכפור בכל.

חקירה ללא אמונה, סופה טביעה. ואילו העיון והמחשבה בתוך גבולות האמונה, על פי דרכי התורה והמצוות, הם פוריים ומובילים בטוחות בדרך העולה בית א-ל.  

מחשבת ישראל קובעת כנקודת מוצא את האמונה בקיומו של בורא עולם. היא מתאחדת עם מסורת הדורות המביאה את מעמד הר סיני לפתח ביתנו, ויחד הן נושאות את לפיד האמונה.