השערת ההתפתחות אשר פורסמה על ידי דרווין באה מתוך מטרה להסביר חידה עצומה שלפניה עומדת האנושות.
אנו רואים לפנינו עולם בעל שתי תכונות בולטות: רבגוניות מדהימה - מאות אלפי מינים שונים של בעלי חיים וצמחים, ועם זאת, סדר מופלא - חלוקה ברורה לקבוצות בעלות דמיון במספר מסויים של תכונות, ובעלות תכונות אופייניות וקבועות למין. התכונה השניה המופלאה היא קיום תכליתיות ברורה בעולם. כל המרכיבים השונים של בעלי החיים וכל אופני פעולתם מכוונים בצורה בולטת לתכלית מסויימת לקיום הפרט ולקיום המשך המין. היחסים בין הפרטים בתוך הקבוצה, בין הקבוצות השונות לבין עצמן, ובין בעלי החיים והצומח לסביבה הדוממת, אף הם בעלי תכליתיות מופלאה.
את שתי התופעות הללו באה להסביר השערת ההתפתחות. על סמך ממצאים מדעיים שונים הגיע דרווין לניסוח השערת ההתפתחות: בראשית היה החומר דומם. על ידי צירוף מקרי של חומרים כימיים נוצרה מערכת כימית שרכשה לעצמה תכונות מסויימות של יכולת קיום, הסתגלות והכפלה - כלומר יצירת מערכות כימיות הדומות לה. למערכת מסובכת זו קוראים התא הראשון. על ידי שינויים מקריים כימיים, ועל ידי שינויים בתנאי הסביבה באותם ימים, נעשתה מערכת זו מסובכת יותר ויותר, והיא קיבלה תכונות נוספות ורבות, עד שכיום התפתחה למערכת הנקראת אדם. כל תופעות החיים המוכרות כיום, הן שלבים בהתפתחות המקרית של אותו חומר כימי. הרבגוניות מוסברת על ידי כך שיד המקרה יצרה מספר עצום של שינויים בסביבות שונות, והדמיון מוסבר על ידי כך שמקור עולם החי הוא משותף.
הסבריו המקוריים של דרווין נידחו על סמך בסיס מדעי זמן קצר לאחר הופעתם. מני-אז הופיעו הסברים שונים ורבים, אשר רובם נדחו. בימינו רווחת במדע ההשערה המכונה "נאודרוויניזם". הבסיס להסבריה הוא המוטאציה, כלומר, שינוי פתאומי ומקרי בידע התורשתי. השינוי נגרם עקב "טעות" של הטבע בזמן הולדת הדור החדש, אשר מקבל את תכונותיו מן האב והאם. מוטאציות אלה פעלו ביחד עם שני מנגנונים: מלחמת הקיום וההסתגלות לשינויים בסביבה, והם אלו אשר יצרו את עולם החי המוכר לנו כיום בתהליך של ברירה טבעית.
נתעכב על קשיים העולים למקרא רעיונות אלו:
1. הקושי העיקרי של האדם החושב, הנתקל במכונה מופלאה שפועלת בהרמוניה ובצורה מורכבת להפליא לתכלית מסויימת, הוא להסביר כיצד נוצרה מכונה מופלאה זו. אילו היה האמריקאי הראשון, אשר דרך על הירח, מוצא לפניו מכונה פשוטה יחסית - שעון, אשר כל חלק בו בנוי בצורה המתאימה לשאר החלקים, וכולם יחד פועלים לתכלית מסויימת - סיבוב המנגנון במחזוריות קבועה, האמנם היה אומר: מה נפלא מכשיר זה הנוצר מעצמו לפי חוקי הטבע? כלום קבוצת קופים אשר אולפו להפעיל מקלדת מחשב יכולים במשך שנים להדפיס במקרה את התנ"ך בין שאר יצירותיהם חסרות המשמעות?! והנה, באה השערת האבולוציה ואומרת כי כל עולם החי המוכר לנו נוצר במקרה באמצעות סידרה של טעויות או של תאונות!
גם חסידי השערת ההתפתחות מודים כי הסיכוי שאותה מולקולה שהתחילה את התהליך, נוצרה במקרה, הוא אחד מתוך 10252, שהוא מספר בן מאתיים חמישים ושניים אפסים! סיכוי זה, עם כל אפסיותו שאינה ניתנת לביטוי, הוא רק הסיכוי בהיווצרות החוליה המשוערת הראשונה, וממנה אל היווצרות האדם עוד רב המרחק פי כמה וכמה מאשר עד אליה.
2. כדי לחזק את הטענה האחרונה, עלינו להבהיר כי השערת ההתפתחות אינה פותרת את הבעייה: מי יצר את החיים, אלא רק מתרגמת את השאלה לצורה אחרת: מי יצר את האטום הראשון? כיום ידוע לנו כי האטום הפשוט ביותר הוא כה מסובך, עד שקצר שכל האדם, בשלב זה, להבינו.
על נקודה זו עמד פרופ' קריק, חתן פרס נובל, אשר בזמנו תרם תרומה מכרעת לביסוס השערת ההתפתחות על תופעת "המוטאציות". הוא מסביר כי הגיע למסקנות שלא ניתן להסביר את התפתחות החיים על כדור הארץ לפי השערת ההתפתחות בתנאים המקובלים, והוא מציע רעיון של "הזרעה אוניברסלית". לפי רעיון זה מקור החיים הוא ביצורים מכוכב אחר, אשר שלחו זרעים של חיים לכדור הארץ. מעניין, שהוא מתעלם מכך שהוא מעביר את הבעיה שלב נוסף קדימה: מי ברא את היצורים באותו כוכב דמיוני?
3. נעבור עתה לניתוח מדעי של סבירות השערת ההתפתחות מנקודת מבט של אחד מחוקי הטבע המקובלים כבסיסיים ביותר במדע: "החוק השני של התרמודינמיקה". הניסוח הפופולרי של חוק זה טוען כך: כל תהליך בטבע הפועל מעצמו, מסתיים במצב פחות מסודר מאשר מצבו בתחילה. ניתן לנסח זאת אחרת: כל תהליך ספונטני בטבע מגביר את אי הסדר וגורם לפיזור של אנרגיה.
כאשר זורקים על שולחן ביליארד 100 כדורים, הסיכוי שהארגון שיתקבל באופן מקרי יהיה מסודר בצורת ריבוע, שואף לאפס.
האם החוק השני של התרמודינמיקה היה "מרשה" להניח כי מיליארדים של אטומים יסתדרו מעצמם - מבלי פעולת כוח חיצוני מכוון, בצורה כה מסודרת וכה בלתי סבירה, כגוף האדם?! מובן שלא. סתירה ברורה זו איננה מאורע חד פעמי אשר קרה פעם אחת בעבר. עצם קיום החיים אפשרי רק על ידי שמירה בלתי פוסקת של מצב מאורגן בניגוד ללחץ הסביבה. העובדה כי גוף האדם שומר על חום גוף קבוע בכל תנאי הסביבה, עומדת בניגוד בולט למציאותו של חוק זה.
פער זה גרם לכך שוינגר, אחד מגדולי הפיסיקאים בדורנו, הגדיר את החיים כ"מצב של הסתברות אפס". כל ניסיון להסביר את התמדתו של פער זה על ידי קיום מנגנוני ברירה טבעית ומנגנונים שנוצרו במקרה, מתעלם מהפגם הלוגי שהמנגנונים עצמם נתונים גם הם ללחץ של הסביבה להתפרק לפי אותו חוק. והתמדת קיומם של מנגנונים אלה מחייבת קיום מנגנונים המפקחים עליהם. אותו טיעון ניתן להעלות גם כנגד המנגנונים המפקחים האלה, והטיעונים הללו חסרי סוף.
4. היריעה קצרה מלהכיל את כל הקושיות והסתירות שמעוררת השערת ההתפתחות. נסיים פרק זה בקטע מדבריו של מונו, הביולוג הצרפתי חתן פרס נובל: "קיימת שאלה קשה אחת חסרת פיתרון: אם אכן הכל מקרי, מדוע אירע הכל בצורה אחת על פי תוכנית אחת? החומצה הגרעינית שלנו נוצרה רק פעם אחת ובצורה אחת... למה לא פעמיים?... שלש? למה צופן גנטי אחד שווה לכל? - אלו שאלות רציניות ביותר, ולהן אין בידינו תשובה".
בעצם השערת ההתפתחות טמונה סתירה עצמית: ההשערה הועלתה כדי להסביר את קיום התכליתיות בהופעת החיים על ידי פעולות טבעיות של חוקי הטבע שאין לייחס להן מטרה מסויימת, אולם כל המנגנונים שמציעה השערת האבולוציה: ברירה טבעית, הסתגלות ועוד, כולם תכליתיים ביותר. דבר דומה לאנציקלופדיה אשר בערך 'אנגליה' כתוב בה: ראה - בריטניה, ובערך 'בריטניה' כתוב: ראה - אנגליה!