בתוככי המשכן עמד מזבח הזהב. הוא ניצב בהיכל פנימה, לצד מנורת הזהב ושולחן לחם הפנים. הוא היה עשוי עצי שיטים המצופים בזהב טהור. מידותיו היו אמה על אמה וגובהו שתי אמות.

פעמיים ביום היה הכהן מקטיר את קטורת הסמים על מזבח זה; הראשונה בתחילת היום, והשנייה עם סיום עבודת הקודש בשעת בין הערביים. הוא שנאמר (שמות ל', ז'-ח'): "בבוקר בבוקר בהיטיבו את הנרות יקטירנה, ובהעלות אהרן את הנרות בין הערבים יקטירנה".

הקטורת הפיצה ריח טוב במשכן. כשם שבהיכלי מלכים עומדים בחלל ריחות בשמים המנעימים לבאים בשערים את השהות במקום, והם סמל לכבוד המקום וליוקרתו – כך גם בבית המקדש, היכל ה'. ריחה של הקטורת התפשט בחלל המקדש ובישם את כל ירושלים, והגיע אף עד יריחו.

הנאת הריח היא הנאה נפשית, כמאמר חז"ל (ברכות מג, ב): "איזהו דבר שהנשמה נהנית ממנו? הווי אומר: זה הריח". את הנאת הריח לא ניתן למשש ביד, היא מופשטת מתחום החומר. עיקר תכליתה הוא להשיב את הנפש, לעדן אותה ולנסוך בה כוחות חדשים.

בתחום הרוחני שוררת אחדות מוחלטת בין נפשות ישראל, בשל היותן חצובות יחד מכיסא הכבוד. לכן ראוי שהקטורת, שבאה למלא את הנפש הרוחנית, תוקטר רק משל כלל הציבור. את כל הקורבנות ניתן להקריב הן כקורבנות ציבור והן כקורבנות יחיד, אך את הקטורת אין מקטירים משל יחיד. כלל הציבור מגיש אותה יחד, והיא מקשרת אותם לאביהם שבשמיים.

לכל קורבן יש סגולה וכוח ייחודי משל עצמו לתקן את העולמות העליונים ולהשפיע שפע רוחני על עולמנו. אומנם הקטורת עולה על כולם בחשיבותה, כמובא בזוהר הקדוש (חלק ב' ריח, ב): 'אין לך חביב לפני הקדוש ברוך הוא כקטורת... והוא חשוב יותר מכל הקורבנות'.

שמו של הקורבן מצביע על מהותו; 'קורבן' – מלשון קרבה, הקורבן הוא אמצעי להשגת קרבת הבורא. שמה של הקטורת מעיד שהיא אמצעי נעלה יותר מכל קורבן אחר; "קטורת" משמעותה "קישור" ("קטר" בארמית הוא "קשר"). ההתקשרות מביעה דבקות, קשר של קיימא שקשה לנתקו ולהתירו.

כדי להדגיש את האופי העמוק של ההתקשרות זו, נקבע שהקטורת תוקטר לה' במקום מקודש ופנימי משאר קורבנות. את הקטורת מקטירים במזבח הזהב – הוא המזבח הפנימי שבתוך היכל המקדש, בעוד שאר הקורבנות מוקרבים על מזבח הנחושת – הוא המזבח החיצון שבחצר המשכן.

כאשר התלוננו בני ישראל על משה ואהרן באה עליהם מגפה קשה, "ויהיו המתים במגפה ארבעה עשר אלף ושבע מאות" (במדבר יז, יד). או אז הורה משה רבינו לאהרן לקחת מחתה ולהקטיר בה קטורת. אהרן מיהר לבצע זאת, "ויעמוד בין המתים ובין החיים ותיעצר המגפה".

לדברי הגמרא (שבת פט, א), רמז נמסר כאן למשה רבינו מפי מלאך המוות בעצמו. בשעה שמשה רבינו זכה לעלות למרום כדי לקבל את התורה ולתיתה לישראל, כל אחד ממלאכי השרת מצא לנכון להעניק לו מתנות יקרות ערך. גם מלאך המוות נתן לו מתנה; הוא מסר לו את סוד הקטורת וגילה לו שיש בכוחה לעצור מגפות מוות.

השטן, הוא היצר הרע הוא מלאך המוות, מתאמץ בלי הרף להחטיא את האדם וליצור חייץ בינו לבין השכינה. ההתקשרות ההדוקה של האדם לבוראו הרי היא כחץ הפוגע בשטן ומבטל ממנו את כוחו להזיק ולהמית.

רש"י מציין (במדבר ז, כ) כי אם נחליף את האות ק' בד' (על פי א"ת, ב"ש, ג"ר, ד"ק), נגלה ש"קטרת" בגימטרייה עולה "תרי"ג". בזוהר הקדוש נאמר שתרי"ג מצוות הן "תרי"ג עיטין", כלומר תרי"ג עצות המכוונות את האדם להידבק ולהתקשר בשכינה, שזו מהותה ותוכנה הפנימי של הקטורת.

מלבד הקטרת הקטורת בבוקר הקטירו את הקטורת גם בין הערביים, בסופו של יום. בין הערביים הוא תחילת זמן החשכה. בשעה זו מתגבר ההסתר, ודווקא אז זקוקים אנו לאחוז בקטורת – בהתקשרות שתחבר אותנו אל הבורא, תגרש את החושך מהלבבות, ותאיר הכול באור ה'.

הקטורת מכפרת על חטא לשון הרע. לשון הרע פוגם באחדות ישראל ויוצר בקיעים בשלמות העם; לכן באה הקטורת משל הציבור, כי סמל האחדות הוא הכפרה הנאותה על פגמים שכאלו.

נפשות ישראל נחצבו מתחת כיסא הכבוד, שם חתום הכול בחותם האחדות. אם רוצים אנו להגיע לאחדות של אמת, עלינו להתקשר לקדוש ברוך הוא, המקור האלוקי של הנפשות. זוהי אפוא תכלית הקטורת – התקשרות אמיצה בין ישראל לאביהם שבשמיים.

אחד עשר סממנים היו בקטורת. עשרה מהם נודעו לשבח בריחם הטוב, והאחרון, הוא החלבנה, ריחו רע. למרות זאת ציווה הכתוב לכלול אותו עם מרכיבי הקטורת. את הסיבה לכך מביא רש"י (שמות ל, לד): "ללמדנו שלא יקל בעינינו לצרף עימנו באגודת תעניותינו ותפילותינו את פושעי ישראל, שיהיו נמנים עימנו".

כשהחלבנה מוקטרת בפני עצמה היא מפיצה ריח רע. אולם בהשתלבותה עם שאר סממנים לא זו בלבד שלא יורגש חסרונה, היא אף תדיף ריח טוב ותשתלב היטב עימם.

אף החוטאים בהיכללם עם כלל ישראל עתידים להעלות ריח ניחוח לפני ה'. זאת ועוד, הקטורת המקשרת אותנו עם העולמות העליונים, רומזת לנו שכאשר מתאחדים הרשעים עם הצדיקים והבינוניים שבעם, נעשות תפילותיהם כלולות יחד, והן מקובלות יותר בשמי מרומים.

כיום, משחרב בית המקדש ואין באפשרותנו להקריב קורבנות או להקטיר קטורת, לימדונו חכמינו שיש ערך רב ללימוד פרשיות הקורבנות ופרשת "פיטום הקטורת" ולאמירתו בפה. בכוחה של אמירה זו לקרב את האדם לבוראו ולזכותו בשפע רב ממרום, והדבר נחשב לו כאילו הקריב קורבן.