מצוות פדיון הבן היא אחת המצוות שנצטוו בני ישראל עוד בהיותם במצרים. כך אומר הקדוש ברוך הוא לבני ישראל בטרם היציאה מעבדות (שמות י"ג, ב'): "קדש לי כל בכור, פטר כל רחם בבני ישראל, באדם ובבהמה לי הוא". בהמשך מבוארת הסיבה להקדשת בכורות האדם והבהמה לבורא (שם ט"ו): "ויהי כי הקשה פרעה לשלחנו ויהרוג ה' כל בכור בארץ מצרים... על כן אני זובח לה' כל פטר רחם הזכרים וכל בכור בני אפדה".

במכה העשירית היכה הקדוש ברוך הוא את בכורי מצרים, ולא היה בית בארץ מצרים שלא היה בו שכול. מעמד הבכורה במשפחה מחייב אחריות! נדרש מהבכור למנוע את ההתדרדרות הרוחנית של משפחתו. מצפים ממנו להיות החסם והמעצור המונעים את משפחתו ממעשים שאינם ראויים.

מבכורי מצרים ציפו ממרום שכבנים אחראים הם יתקוממו נגד השעבוד האכזרי של עם ישראל וימנעו את הסבל המתמשך מעם ישראל. לכן, הם ספגו את 'מכת האש' הראשונה.

גם בכורי ישראל היו אמורים להענש עם בכורי מצרים, לנוכח העובדה שלא מנעו את משפחתם מלעבוד עבודה זרה. הבכורים הכזיבו והצטרפו להתדרדרות הרוחנית של עם ישראל. אנו מצווים לפדות את הבכורים כזכר לנס שנעשה להם, בזאת שלא הכתה בהם מכת בכורות.

בחומש במדבר מתוארת השגחתו הפרטית של הקב"ה על בכורי ישראל בעת מכת בכורות (ח', י"ז): "כי לי כל בכור בבני ישראל באדם ובבהמה, ביום הכותי כל בכור בארץ מצרים". הקב"ה, כביכול, "קנה" את הבכורים בשעה שהגן עליהם ממכת בכורות. "קניה" זו משמעותה שהבכורים יהיו הכהנים עובדי ה' בבית המקדש. אולם כאשר חטאו בני ישראל במדבר, ועבדו לעגל הזהב, גם הבכורים היו בין החוטאים, ומני אז הם נפסלו לעבודת ה'. היחידים שלא השתתפו בחטא העגל היו הכהנים והלוויים. "מי לה' אלי", הכריז משה רבנו ברדתו מההר, ומיד – "ויאספו אליו כל בני לוי" (שמות ל"ב, כ"ו). לאחר חטא העגל שבו הוכחה נאמנותם של בני שבט לוי לדבר ה' – קיבלו הלוויים והכהנים את התפקיד שהיה מיועד מלכתחילה לבכורים, ונבחרו להיות מורי האומה והאחראים על עבודת המקדש. מני אז כל בכור שנולד, יש לפדותו, האב מביא בתמורתו לכהן חמישה סלעים, כי הכהן ממלא את מקומו של הבכור בשרתו בקודש.

טעם נוסף לפדיון הבן: הבכור הוא ראשון, ובמציאות חדשה זו יש קדושה. הבן הראשון יוצר סטטוס חדש בעצם הווייתו. הוריו נקראים בזכותו הורים, יש בו בבכור את הכוח הראשוני. בכך הוא דומה לבורא עולם, אשר הוא הראשון בעולם, ולכן גם הבכור הוא קדוש, ויש לפדותו.

המדרש מוסיף הסבר נוסף: "אמר הקב"ה, אתם מכרתם את בנה של רחל בעשרים כסף שהם חמישה סלעים, לפיכך יהיה כל אחד ואחד מפריש ערך בנו חמשה סלעים. בעצם הפדיה כלולה כפרה על חטא מכירת יוסף, חטא שהוטל על עם ישראל כולו לאורך הדורות.

הפדיון נערך במלאת שלושים יום ללידה, משום שעד יום השלושים עדיין קיים חשש שמא הוולד אינו בר קיימא. מיום השלושים התינוק מתחזק וכבר יש לו חזקת חיים. לכן, לאחר מלאת שלושים יום פודים אותו במעמד מניין אנשים. למעמד הפדיון יש למצוא כהן מתאים שיש לו ייחוס ודאי לזרע אהרון הכהן, ולהצטייד במטבעות מכסף טהור בעלות ערך זהה לערכם של חמישה סלעים – מטבעות הכסף שהיו בזמנים קדומים.

מצווה זו נחשבת לזכיה מיוחדת ומהווה שמחה גדולה, משום שהיא אינה מזדמנת לכל אחד. ראשית, אם אבי הרך הנולד הוא כהן או לוי, וכן אם האם היא בת כהן או בת לוי, אין הם מצווים לפדות את בנם בכורם. זאת ועוד, בתורה מפורש שיש לפדות רק בכור שהוא "פטר רחם" – היילוד הראשון של האם. משום כך אין לפדות בן הנולד אחר בנות, אחר הפלה או הנולד בניתוח קיסרי. נמצא שרוב ההורים אינם זוכים לקיים מצווה זו אפילו פעם אחת בחייהם, ומכאן השמחה הגדולה בעת קיומה של מצווה זו.