בזמן שבית המקדש היה קיים היו מקריבים את מנחת העומר כנאמר: "כי תבואו אל הארץ אשר אני נותן לכם, וקצרתם את קצירה, והבאתם את עומר ראשית קצירכם אל הכהן" (ויקרא כ"ג, י'). הקרבן היה עשוי מעשירית האיפה קמח שעורים בלול בשמן, קומץ ממנו היו מקטירים על גבי המזבח, והשאר נתנו לכהנים. במוצאי יום טוב הראשון של חג הפסח, בט"ז בניסן, היו קוצרים את התבואה החדשה בנוכחות ציבור גדול שבאו מהעיירות הסמוכות לירושלים. את התבואה היו מביאים לעזרה של בית המקדש, ושם טוחנים אותה ומנפים אותה ועושים ממנה מנחה לה'.

את התבואה החדשה מביאים לבית המקדש, כי התבואה שבשדות מהווה סמל מובהק לטבע, והבאת ראשית הקציר למקדש באה לבטא את הכרתנו העמוקה שגם הטבע מתנהל בצורה ישירה על ידי הקב"ה. ציוותה התורה להביא את קרבן העומר בפסח, שכן אז הוא זמן צמיחת התבואה ובזכות הקרבן תתברך התבואה בשדות. הבאת מנחת העומר בחג הפסח מחדדת את הכרת שליטתו והנהגתו המוחלטת של הקב"ה בעולם, כפי שהוכח בשרשרת הניסים שהיו ביציאת מצרים, ומן הניסים הגלויים אנו ממשיכים להכיר שגם הטבע החומרי אינו אלא רצף של ניסים נסתרים. רק לאחר הקרבת מנחת העומר הותר לאכול את התבואה החדשה שצמחה באותה השנה.

את העומר מניף הכהן לארבע רוחות השמים וכן מעלה ומטה, כדי להודיע שארבע רוחות השמים וגם העולמות העליונים והתחתונים נתונים כולם להנהגת הבורא.

היה קיים שוני מהותי באופן עבודת הבורא של בני ישראל במדבר, לבין העבודה בהיכנסם לארץ ישראל. במדבר עבדו בני ישראל את הקב"ה תוך התעלמות מצרכי הגוף. הם לא היו צריכים לחרוש, לזרוע ולקצור כי מאכלם היה מן שירד מן השמים, והם התמסרו כליל לעבודת הבורא.

עם כניסתם לארץ ישראל היה עליהם לעמול קשה כדי להשיג את מזונם,  והמשימה הרוחנית העיקרית שהוטלה עליהם היתה להשגיח שעם כל זאת לא יתגשמו ולא ישקעו בחומריות, אלא יעלו וירוממו את עסקי הגוף לדרגה רוחנית.

התורה קושרת את ימי ספירת העומר אל תנופת העומר, וכפי שנאמר (ויקרא כ"ג, ט"ו): "וספרתם לכם ממחרת השבת, מיום הביאכם את עומר התנופה". גם השם "ספירת העומר" מייחס את כל המערכת של ימים אלו מחג הפסח ועד לחג השבועות, ליום תחילת הספירה, היום שבו הקריבו את העומר בבית המקדש.

מה הקשר בין שתי מצוות אלו?

מנחת העומר באה מן השעורים הנחשבים לתבואה ממין ירוד  ומיועדים למאכל בהמה, זאת לעומת שאר המנחות הבאות מן החיטים, כיאה למנחה הקרבה לפני מלך מלכי המלכים.

למועד חג הפסח ולקרבן העומר יש קשר פנימי עמוק. בפסח זכו ישראל לא רק לחרות עולם, הם גם קיבלו באותה השעה את שלמות צורתם הרוחנית, כהגדרת הנביא על עם ישראל (יחזקאל ל"ד, ל"א): "אדם אתם". התואר 'אדם' מציין את רוממותו של עם ישראל.

"אדם" הוא תואר נעלה המבטא את המרכיב הרוחני העילאי, את נשמת רוח האלוקים שבאפיו. חג הפסח שבו נעשו ישראל לעם, הוא המועד שבו הוענק להם תואר זה. ואמנם תנופת העומר מסמלת התרוממות והתנשאות של האדם על מנת להידבק בקב"ה.

ימי ספירת העומר מתחילים מהדרגה הנמוכה, מהבאת מנחת שעורים, מלמחרת חג הפסח, ובמשך ארבעים ותשעה ימי הספירה אנו מתעלים עד לחג השבועות, ובחג זה מביאים מנחת חיטים, שהיא מאכל אדם. אנו ממחישים בכך את דרך העליה, את ההשתלמות למדרגת אדם נעלה.

עבודת האדם מישראל היא להתרומם מעל מישור הגוף החומרי ולהתנשא לפסגות רוחניות. ויותר מכך, בכוחו של האדם להתעלות עד שיסחף אחריו לגבהים גם את הגוף המכביד בדרך כלל על פעולות הנשמה ומושך לארציות. זהו הרמז שבהנפת מנחת העומר העשויה משעורים, מאכל בהמה. זה מסלול הקדושה הנמשך מחג הפסח ועד לחג השבועות. בחג השבועות מביאים מנחה חדשה לה' דוקא מן החיטים, לרמוז שעתה נשלמה צורת האדם של כל אחד מישראל.