בתורה מסופר על אנשים שהיו טמאים למת בי"ד בניסן, ונבצר מהם להשתתף עם כל בני ישראל בהקרבת קרבן הפסח. הם שאלו את משה (במדבר ט', ז'): "למה נגרע לבלתי הקריב את קרבן ה' במועדו?"

משה רבנו, ילוד אשה, אומר להם: "עמדו ואשמעה מה יצוה ה' לכם". בכל עת יכול הוא לפנות אל הקב''ה ולהענות.

ואמנם  ענה ה' לשאלת משה שאנשים אלו יעשו את הפסח לאחר שיטהרו, חודש אחרי כל עם ישראל (במדבר ט', י"א): "בחודש השני בארבעה עשר יום בין הערביים יעשו אותו". החודש השני הוא חודש אייר, וביום ארבעה עשר בו הוא זמן הקרבת פסח שני.

ספר החינוך (מצוה ש"פ) מסביר את מהותה של המצוה:

יציאת מצרים מהווה את יסוד האמונה היהודית. האותות והמופתים, הנסים והנפלאות שעשה ה' לישראל באותה השעה מהווים בסיס לאמונה בה' לדורות. הקרבת קרבן פסח ואכילתו יחד עם מצות ומרור, מהוות את שיא ההשתתפות של כל יהודי בכל שנה בזכירת יציאת מצרים ובהחדרתה ללבבות. אכילת קרבן הפסח הינה עדות של המשפחות שבישראל שהן מאמינות בה' וקשורות למורשת שהוא הנחיל לנו בעת שבחר בנו לעם והוציאנו ממצרים.  ה' חפץ שכל יהודי ישתתף במצוה יסודית זו, ולכן מי שנמנע ממנו לעשות את המצוה בזמנה מחמת שהיה טמא או היה באותה שעה בדרך רחוקה, ניתנת לו הזדמנות שניה לקיומה.

המצוה החשובה הזו מדגישה את העובדה שה' הוא השליט היחיד על כל הבריאה והוא בחר בעמו ישראל, ולכן כל אלו שלא יכלו להקריב את הפסח במועדו משתתפים במצוה: גר נתגייר בין פסח ראשון לפסח שני, ילד קטן שהפך לבר מצוה בתקופה זו, וכאמור, מי שהיה בדרך רחוקה ונבצר ממנו להגיע לירושלים, וכמובן הטמאים שבגינם התחדשה המצוה. דומה שאין בתורתנו דוגמה נוספת למצוה שניתנת לאדם הזדמנות נוספת לעשייתה. כל המצוות שקבוע להן זמן, כגון כל דיני החגים והמועדים, לאחר שעבר זמנם שוב אין אפשרות לקיים את מצוותיהם. שונה הוא פסח שני המאפשר השתתפות של היחידים שלא נכללו עם כל העם בקרבן פסח ראשון, לעשות אותו בפסח שני.

כאמור, הסיבה למתן הזדמנות נוספת נובעת מהמרכזיות של יציאת מצרים באמונתנו. אמנם האמונה מבוססת כמובן על בריאת העולם ועל יחודו של הבורא שברא את עולמו בששה ימים ושבת ביום השביעי, אולם בחירתו של העם, יחודו וקשרו המיוחד לה', נובעים כולם מניסי יציאת מצרים, מקריעת ים סוף וממתן תורה שהתקיים מספר שבועות לאחר מכן, וכפי שאמר ה' למשה כשנגלה אליו בסנה (שמות ז', י"ב): "בהוציאך את העם ממצרים, תעבדון את האלקים על ההר הזה". יציאת מצרים ומתן תורה מורים שזוהי מטרת בריאתו של העולם ותכליתו העיקרית, שיהיה עם העובד את ה' בכל לבו, ובהמשך יצעדו העמים אט אט בעקבותיו.

כיום, כאשר בית המקדש אינו קיים, אין באפשרותנו לקיים מצות פסח שני.   עם זאת, ביום י"ד באייר איננו אומרים תחנון בתפילה, כי יום זה נחשב במידה מסויימת כמועד, ונוהגים לאכול בו מצה, זכר  לקרבן פסח שני.