שבעה ימים לפני יום הכיפורים פרש הכהן מביתו ללשכה מיוחדת, והתכונן שם לעבודת הקודש, לקראת היום בו עיני כל ישראל נשואות אליו. בערב יום הכיפורים, היו מוליכים אותו לשער המזרח שבהר הבית, ושם היו מעבירים לפניו את הבהמות שאותן יצטרך להקריב למחרת – כדי שיהיה רגיל בעבודה.
בסוף תקופת בית שני נהגו להשביע את הכהן הגדול ולומר לו: "אישי, כהן גדול! שלוחי בית דין אנחנו, ואתה שליחנו ושליח בית הדין – על כן אנו משביעים אותך, שלא תשנה אף בדבר קל ממה שלימדנו אותך".
אחר כך היו הדיינים נפרדים ממנו, והכהן הגדול היה מפנה את פניו ובוכה. הדיינים, היו אף הם פונים לצד אחר ובוכים. הדיינים היו בוכים על כי נאלצו להשביעו כאילו חשדו בו, והכהן הגדול היה בוכה על שהדיינים חשדו בו, שמא אין הוא נאמן לדרך התורה.
בליל יום הכיפורים למדו תלמידי חכמים במשך כל הלילה עם הכהן הגדול פרקים מנביאים וכתובים, המושכים את הלב לתשובה כדי שלא ירדם.
משהבחינו באור היום העולה מן המזרח, עלה אחד הכהנים למקום גבוה והסתכל לכיוון מזרח, וחבריו הכהנים היו שואלים אותו: "האיר המזרח?"
והוא היה עונה: "הן!"
ושוב שאלוהו: "האם כבר מוארים השמים עד לעיר חברון?" כדי להזכיר את זכותם של האבות הקדושים אברהם, יצחק ויעקב, הקבורים בחברון.
ושוב ענה הצופה: "הן!"
הכהנים היו פורשים סדין בין הכהן הגדול לבין העם, והוא פשט את בגדיו וירד לטבול במקוה, כדי להטהר לקראת עבודת הקודש.
אחר שעלה מטבילתו, לבש את בגדי הזהב, קידש ידיו ורגליו מקיתון של זהב, וניגש לעשות את כל עבודות הבוקר של בית המקדש. היטיב את הנרות, הקטיר את הקטורת, הקריב את התמיד, הקטיר את מנחת התמיד עם מנחת החביתין, וניסך את היין של קרבן התמיד.
אחר כך הקריב את הפר ואת שבעת הכבשים של מוסף היום, ואם חל יום הכיפורים בשבת – הקריב גם את קרבנות השבת.
משסיים את העבודות נכנס לעזרה, רחץ את ידיו ואת רגליו, פשט את בגדי הזהב, ירד וטבל, עלה והסתפג, לבש בגדי לבן, ושוב רחץ את ידיו ואת רגליו.
הכהן הגדול ניגש לפר שעמד כשראשו מופנה לצד ההיכל וסמך את ידיו על ראש הפר, ובלב מלא אימה התוודה לפני ה' על עוונותיו ועל עוונות ביתו. וכך היה אומר:
"אנא ה'! חטאתי, עויתי, פשעתי לפניך, אני וביתי. אנא ה'! כפר נא לחטאים ולעוונות ולפשעים, שחטאתי ושעויתי ושפשעתי לפניך, אני וביתי, ככתוב בתורת משה עבדך 'כי ביום הזה יכפר עליכם לטהר אתכם מכל חטאתיכם, לפני ה' תטהרו!'"
כאשר העם, שעמדו בעזרה, היו שומעים את השם הנכבד והנורא יוצא מפורש מפי הכהן הגדול בקדושה ובטהרה, היו כורעים ומשתחוים ונופלים על פניהם ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד!"
כשסיים את הוידוי הראשון, כבר עמדו מוכנים שני שעירים, אשר נועדו לכפר על העם. בסמוך להם היתה קלפי ובתוכה – גורלות. על האחד היה רשום 'לה'', ועל השני רשום 'לעזאזל'.
הכהן הגדול ניגש אל השעירים בליווי סגנו מימין, וראש בית האב משמאלו, עירב את הגורלות והושיט את שתי ידיו לתוך הקלפי כדי להוציאם.
אם הגורל 'לה'' עלה ביד ימין, היה סגנו, שעמד לימינו מכריז: "אישי כהן גדול, הרם יד ימינך!" אם הגורל 'לה'' עלה ביד שמאל, הכריז ראש בית האב, שעמד משמאלו: "אישי כהן גדול, הרם יד שמאלך!"
משנקבע על פי הגורל איזה שעיר לה', ואיזה – לעזאזל, קשר הכהן על שני השעירים לשון זהורית – חוטים מצמר אדום; על השעיר שעמד להשחט לקרבן, קשר את החוט בצוארו, ועל השעיר לעזאזל קשר את החוט בין קרניו.
לאחר מכן ניגש הכהן שוב אל פרו והתוודה עליו את חטאי הכהנים. פר זה, נקנה מכספו של הכהן.
וכך היה אומר:
"אנא ה'! חטאתי, עויתי, פשעתי לפניך, אני וביתי ובני אהרן עם קדושיך. אנא ה'! כפר נא לחטאים ולעוונות ולפשעים, שחטאתי ושעויתי ושפשעתי לפניך אני וביתי ובני אהרן עם קדושיך, ככתוב בתורת משה עבדך לאמר: 'כי ביום הזה יכפר עליכם לטהר אתכם מכל חטאתיכם, לפני ה' תטהרו!'"
גם בוידוי זה היה הכהן מוציא מפיו את השם המפורש, והכהנים והעם, שעמדו בעזרה, כשהיו שומעים את השם הנכבד והנורא מפורש יוצא מפי כהן גדול בקדושה ובטהרה, היו כורעים ומשתחוים ונופלים על פניהם ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד!"
הכהן הגדול שחט את הפר וקיבל את דמו לתוך מזרק ומסרו לכהן אחר שימרס (שיערבב) את דמו כדי שלא יקרש, ובינתיים נטל מחתה ועלה למזבח החיצון כדי לחתות משם גחלים לוחשות.
לפני כניסתו לקודש הקודשים, הניח הכהן את המחתה מלאה בגחלים על מדרגה, והגישו לו מחתה נוספת מלאה בקטורת. הכהן הגדול לקח ממנה מלוא חפניו בשתי כפות ידיו, והעביר אותה לכף שהוכנה לשם כך.
הכהן הגדול, הנכנס למקום הקדוש ביותר, היה צריך להיות מזוכך, נקי מחטא וזכאי מכל עוון, שאם לא כן הוא לא יצא משם חי. כדי שיוכלו להוציאו, חלילה, אם לא יזכה, קשרו לרגלו שרשרת זהב ארוכה.
בצעדים מדודים פסע הכהן לעבר קודש הקודשים. הכל עמדו דרוכים ושותקים, מלווים במבטיהם מתוך תפילה את הכהן הגדול – שליח העם כולו למקום השראת השכינה.
הוא נכנס אל קודש הקודשים, ניגש אל הארון והניח את המחתה בין בדיו. שום אדם, לא נמצא שם באותה שעה.
עתה עמדה לפניו משימה קשה, אשר דרשה זריזות מיוחדת: היה עליו להחזיר את כל כמות הקטורת, שהיא מלוא חפניו, שהניח בכף לתוך כפות ידיו.
לשם כך נעזר הכהן בשיניו כדי לתפוש את הכף – עד שהעביר את הקטורת לתוך שתי ידיו במידה המדוייקת.
משהיו חפניו מלאים בקטורת, התקרב הכהן אל המחתה ופיזר את הקטורת על הגחלים.
כאשר היתה כל הקטורת במחתה, המתין בפנים עד שראה את הבית מתמלא בעשן – ויצא משם.
בצאתו אל ההיכל, התפלל שם תפילה קצרה, והזדרז לצאת אל העם כדי שלא להשאירם בציפיה ובמתח.
הכהן הגדול התפלל: שתהא השנה הבאה עלינו לטובה שנה מבורכת, שנה שירדו בה גשמים בעתם. ואם יתפללו עוברי דרכים, שהגשם יפסק – שלא תתקבל תפילתם, בזמן שהעולם צריך גשם.
על פרנסתם של ישראל ביקש הכהן שלא יצטרכו זה לזה, ולא יזדקקו לעם אחר. הוא התפלל על בריאות העם, ובפרט על בריאותן של האמהות ועל בריאותם ואורך ימיהם של התינוקות. על תנובת השדה – שיתנו עצי השדה את תנובתם, וכן התפלל על שלומו של נשיא ישראל. ושלא תגזר גלות על עם ה'; ואם, חלילה, נגזרה כבר גזרה כזאת, שתתקיים בכך, שהיהודים גולים למקום תורה.
מיד בכניסתו של הכהן הגדול לקודש הקודשים ידע אם יזכה לצאת משם בשלום. אם היה ראוי לעבודה קדושה זו, נשמע מפי הכרובים שעל הארון קול זמר נפלא, ואם, חלילה, לא – שתקו הכרובים מתוך רוגז.
בימי יאשיהו המלך הטמינו את הארון במנהרה נסתרת, אותה הכין שלמה המלך בעת בנית הבית, כדי להסתיר בה את הארון בשעת סכנה. יאשיהו המלך, ידע כי בית המקדש עתיד להחרב, ולכן, הטמינו שם.
בבית המקדש השני, כאשר ארון הברית נגנז, היה הכהן מניח את הקטורת בקודש הקודשים על אבן השתיה, שממנה הושתת ונוסד העולם. אבן זו נמצאת בתוך קודש הקודשים, ובולטת מעט מן הקרקע.
כשיצא הכהן הגדול מקודש הקודשים ניגש מיד אל הכהן שהחזיק במזרק המלא בדם ובחש בו כדי שלא ייקרש. הוא לקח את המזרק, שב אל הקודש פנימה, והיזה באצבעו מן הדם שבמזרק בין בדי הארון.
פעם אחת היזה כלפי מעלה; אחר כך היזה שבע פעמים ממול הכפורת; בכל הזיה טבל את אצבעו בדם והזה למולו. הכהן היה מונה את ההזיות.
מדם הפר היזה בהיכל מול הפרוכת, אך לפני כן היה עליו להזות מדם השעיר בקודש הקודשים פנימה, לכן העמיד את המזרק ובו הדם על עמוד זהב שעמד בהיכל, והתפנה לשחיטת השעיר.
הכהן הגדול פסע לעבר צפון העזרה, שם שחט את שעיר החטאת של העם. לאחר שקיבל את הדם לתוך כלי, נחפז להכנס שוב לקודש הקודשים, והיזה שם שמונה הזיות כפי שעשה בדם הפר. גם הפעם מנה את ההזיות בפיו.
יצא והניח את המזרק עם דם השעיר על כן של זהב שהיה בהיכל, ונטל את המזרק עם דם הפר להזות ממנו מול הפרוכת כנגד מקומו של הארון שנמצא מאחורי הפרוכת, בתוך קודש הקודשים.
לאחר מכן הניח שנית את המזרק על כן שיוחד לכך, ונטל מן הכן השני את המזרק עם דם השעיר, והיזה מדמו באותו מקום.
עתה לקח הכהן את המזרק האחד והריקו לתוך האחר, לאחר מכן החזיר את כל הדם המעורב לכלי שנתרוקן כדי ששני הדמים יתערבבו היטב, והיזה מדם מעורב זה על מזבח הזהב, שהיה בהיכל.
אחת עשרה הזיות היזה הכהן על המזבח: ארבע מתנות על ארבע קרנות המזבח סביב. לאחר מכן חיתה את הגחלים, שנשארו על המזבח לשני צדדיו, עד שנתגלה זהב המזבח, ושם הזה עוד שבע הזיות מן הדם המעורב.
את שארית הדם שפך על היסוד המערבי של המזבח החיצון, ובכך סיים את עבודת הקודש של הזיות הדם ביום הקדוש.
במשך כל הזמן בו ביצע הכהן הגדול עבודות אלה, עמד השעיר אשר עלה בגורלו "לעזאזל" – ליד השער המזרחי של העזרה, ועתה הגיעה שעתו...
הכהן סמך את ידיו על ראש השעיר והתודה עליו את עוונות כלל ישראל, וכך הוא אמר:
"אנא ה'! חטאו, עוו, פשעו לפניך עמך בית ישראל. אנא ה'! כפר נא לחטאים ולעוונות ולפשעים, שחטאו ושעוו ושפשעו לפניך עמך בית ישראל, ככתוב בתורת משה עבדך לאמר: כי ביום הזה יכפר עליכם לטהר אתכם, מכל חטאתיכם לפני ה' תטהרו!"
וכשהיו הכהנים והעם, העומדים בעזרה, שומעים את השם הנכבד והנורא מפורש יוצא מפי כהן גדול – היו כורעים, משתחוים ונופלים על פניהם ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד!"
לאחר הוידוי קרא הכהן הגדול לאחד הכהנים, שהוכן לתפקיד זה מיום אתמול, ונתן לו את השעיר כדי להוליכו המדברה.
השליח יצא עם השעיר, אל מקום צוק הסלע, הנקרא "עזאזל".
לפני יום הכיפורים הכינו בדרך עשר סוכות, בין סוכה לסוכה היה מרחק פחות ממיל (1200 מטר).
כשיצא השליח מן העזרה, היו יקירי ירושלים מלווים אותו עד הסוכה הראשונה.
בכל סוכה היו אנשים מחכים ומציעים לו מאכל ומשקה, אך מעולם לא קרה שהשליח טעם מן המאכלים והמשקאות.
הגיע לסוכה הראשונה – נפרדו ממנו יקירי ירושלים, ואנשי הסוכה יצאו ללוותו עד לסוכה השניה. אנשי הסוכה השניה ליוו אותו עד לסוכה השלישית, וכן הלאה.
מהסוכה האחרונה ליוו אותו מהלך מיל בלבד, ושם עמדו וצפו במתרחש. כשהגיע לסלע, לקח השליח את לשון הזהורית האדומה שהיתה תלויה בראש השעיר, וחילקה לשנים: את חלקה האחד קשר אל הסלע, ואת החלק האחר השאיר בין קרני השעיר. העמיד את השעיר בראש הצוק ודחפו בכח לעבר התהום.
כשזכו ישראל, ועוונותיהם נתכפרו – עוד לפני שהיה השעיר מגיע לחצי ההר, כבר התרסק כולו, ואז היה הכהן מכריז: "כך ימחו עוונות עמך בית ישראל..."
כשסיים את מלאכתו, שב אל הסוכה האחרונה, ושהה שם עד מוצאי יום הכיפורים.
בינתיים כבר ידעו בירושלים, כי המשימה בוצעה, וכי העוונות התכפרו – והשמחה רבתה.
לשון של זהורית היה תלוי בפתח האולם מצדו החיצוני, וכאשר נהדף השעיר לעזאזל, ונתכפרו העוונות – הפך צבעו האדום של חוט הצמר ללבן, כמו שכתוב (ישעיהו א', י"ח): "אם יהיו חטאיכם כשנים [צבע אדום] – כשלג ילבינו!"
היו אלו רגעים נפלאים! ה' סלח ומחל לעמו.
היו שנים בהן הכהנים הגדולים לא היו ראויים לכהונתם, ולכן לא זכו לראות את החוט האדום מלבין. היו גם שנים, בהן האדים הצמר עוד יותר, ואז מצב רוחו של העם היה עגום.
לאחר שנשלח השעיר לעזאזל, התפנה הכהן הגדול לטפל בשריפת הפר והשעיר.
תחילה נכנס לבית המטבחים [מקום שחיטת הקרבנות], שם הוציא את האימורים – האברים הפנימיים – מן השעיר ומן הפר שנשחטו, שם אותם בכלי המיוחד לכך ואת היתר שלח לשריפה. ארבעה אנשים נשאו את האיברים על כתפיהם אל מחוץ לעיר, למקום הנקרא "בית השריפה". שם שרפום במעמד קהל רב.
אחת המצוות בעבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים היתה קריאת התורה לפני הציבור. הוא התחיל בקריאה מיד כאשר נודע, שהשעיר הגיע לעזאזל, ומצוותו נעשתה שם בידי השליח. הקריאה בתורה התקיימה באותה שעה, בה נשרפו הפר והשעיר.
בתקופה בה בטל מנהג לשון הזהורית, היו מציבים צופים מיוחדים במקומות גבוהים, כדי שיצפו מרחוק, אם השליח הגיע ליעדו וביצע את שליחותו. כאשר האחרון שבהם ראה את השליח הודף את השעיר מראש הצוק – היה מנפנף בסודר. זה שלפניו ראה זאת, ונפנף אף הוא, וכן הלאה, עד שהועברה הידיעה לעזרה.
כשנודע בעזרה, כי השליח ביצע את שליחותו, היה הכהן מתחיל בקריאת התורה.
הכהן הגדול נכנס לעזרת הנשים, מקום שם התקבץ העם, השמש הוציא ספר תורה ומסרו לידי הגבאי, זה מסרו לידי סגן הכהן הגדול, והסגן העבירו לכהן הגדול, שהתייצב על רגליו וקיבל את ספר התורה.
הכהן הגדול בירך ברכת התורה, ואחר כך קרא בפרשת "אחרי מות". היה שם גם מתורגמן, שהסביר לעם את הדברים.
כאשר סיים המתורגמן להסביר את הפסוק האחרון של פרשת "אחרי מות". התחיל הכהן הגדול לקרוא בפרשת "אמור" את ענין יום הכיפורים.
בסיימו את הקריאות סגר את ספר התורה, לקחו בזרועותיו והכריז: "יותר ממה שקראתי לפניכם כתוב פה!", כלומר, התורה מכילה הרבה יותר ממה ששמעתם עתה! ושוב הוסיף לקרוא לפני העם בעל פה את הפרק (במדבר כ"ט): "ובעשור לחודש השביעי".
הכהן בירך את הברכה השניה על התורה והוסיף שבע ברכות נוספות מעניני יום הכיפורים: על העבודה, על ההודאה, על מחילת העוון, על המקדש, על ישראל, על הכהנים ועל ירושלים.
משסיים את הקריאה, המשיך בעבודת המקדש היום יומית. שוב קידש הכהן הגדול את ידיו ואת רגליו, פשט את בגדי הלבן וירד לטבול, עלה וניגב את עצמו היטב, לבש את בגדי הזהב, ושוב קידש ידים ורגלים.
ארבעה קרבנות נותרו לו להקרבה ביום הקדוש:
שעיר החטאת – אחד מוקרב עם שעיר העם, ואחד – עם פרו של הכהן. ובנוסף להן היה עליו להקטיר את כל המנחות והנסכים.
התמיד של בין הערבים – היה הקרבן האחרון בסדרת הקרבנות.
ועוד עבודה אחת היה על הכהן הגדול לבצע והיא הקטרת האימורים.
לפני שניגש הכהן הגדול לעשות את העבודות האחרונות שנותרו, היה עליו להיכנס פעם נוספת לקודש הקודשים. לשם הוצאת הכף והמחתה, שנשארו שם לאחר הקטרת הקטורת.
קידש ידיו ורגליו, פשט את בגדי הזהב, טבל, לבש בגדי לבן, ושוב קידש את ידיו ורגליו.
בגדי הלבן, שלבש עתה, היו פשוטים יותר מן הקודמים, שכן הכהן נכנס פנימה רק להוציא את הכלים.
כאשר פסע הכהן לעבר בית קדשי הקדשים, היה הקהל רגוע ונינוח יותר. הפעם אין הכהן הגדול ממהר כבתחילה, ויכול היה להאריך קמעה בתפילתו בעמדו בהיכל ולבקש בקשות לפני ה' על השנה החדשה.
לאחר התפילה נכנס הכהן אל קודש הקודשים, הוציא את הכף ואת המחתה, ובפנים מאירות יצא משם, כשהוא ממהר לסיים את עבודותיו.
הכהן רץ לבית הטבילה כדי להחליף את בגדיו הלבנים בבגדי הזהב, בהם חייב היה לסיים את העבודות היומיומיות, ושוב עשה כסדר המתחייב עם החלפת הבגדים.
הכהן הגדול נכנס להיכל להקטיר את הקטורת על מזבח הקטורת, ומשם יצא למזבח החיצון להקטיר את מנחת התמיד של בין הערבים ואת מנחת החביתין ולנסך את היין. בכך סיים הכהן הגדול את עבודות היום הקדוש.
בפנים קורנות פסע הכהן הגדול למקום בו היה צריך לפשוט מעליו את בגדי הזהב המפוארים וללבוש בגדים רגילים, ככל אדם. אך גם לפני החלפת בגדים זו חייב היה לקדש ידיו ורגליו – היה זה הקידוש העשירי והאחרון ביום זה.
בגדי הזהב נותרו בלשכה, והכהן הגדול יצא אל העם כדי לשמוח עמו על הסליחה והכפרה, אשר זכה להן, ועל כך שזכה לצאת חי ושלם מקודש הקודשים.
כל העם ליוו את הכהן הגדול בתהלוכת המונים עד לביתו.
הקהל העצום פסע בנחת בעקבות הכהן הגדול, והכל חשו באושר עילאי – ה' קיבל את העבודה הקדושה! הקדוש ברוך הוא סלח ומחל לעוונות ורצה את מעשי עמו ישראל...
בת קול היתה יוצאת אז מן השמים ומכריזה: "לך אכול בשמחה לחמך ושתה בלב טוב יינך, כי כבר רצה האלקים את מעשיך!"
אט אט התפזרו ההמונים איש לביתו כדי להיטיב את ליבם אחרי הצום, אך השמחה לא הסתיימה. למחרת היה הכהן הגדול עושה יום טוב ועורך סעודת הודיה גדולה בהשתתפות המונים, אשר הרבו בשבח ושירה לקדוש ברוך הוא על שהיום הקדוש עבר בשלום, והכהן הגדול יצא בשלום מן הקודש.