לאחר קריאת התורה של תפילת מנחה ביום הכיפורים, קוראים את ספר יונה. הספר מתאר את השליחות שהטיל ה' על יונה להתנבא על העיר נינוה, העתידה להיחרב מפאת מעשיהם הרעים של תושביה. יונה הנביא ניסה להיחלץ משליחות זו, אולם ללא הועיל. בעקבות נבואתו שבו בני נינוה בתשובה, וה' עיכב את גזר דינם.
יונה בן אמיתי נצטווה על ידי האלוקים להתנבא על עתידה של נינוה. יונה הבין שכתוצאה מנבואתו ישובו אנשי עיר בתשובה, ויהיה זה קטרוג על עם ישראל שאינם שבים בעקבות דברי הנביאים.
יונה ניסה לברוח מפני ה', כדי שלא יצטרך ללכת ולומר את נבואתו לאנשי נינוה. כשם שיונה לא הצליח לברוח מפני ה', כך משגיח ה' בהשגחה פרטית על כל באי עולם, ואין כל אפשרות להימלט מהשגחתו. לכן, על האדם לשוב בתשובה ולהתקרב אל ה'.
הדברים מתאימים לתוכנו של יום הכיפורים, שהוא יום שמהותו תשובה והתקרבות לה'.
* * *
יונה עומד בנמל יפו, מחפש אוניה אשר תיטלנו הרחק מכאן... לחוץ לארץ... אל הים הפתוח.
לפתע מבחין יונה באוניה הפורצת אל הנמל, נדחפת על ידי כוח עליון בניגוד לרצונה... ואמנם, אוניה זו יצאה מנמל יפו לפני יומיים, אלא שרוח סערה סחפה אותה בחזרה אל הנמל... יונה מיהר לגשת אל רב החובל ושאל: "האם יש באונייתך מקום פנוי בעבורי?... לא איכפת לי כלל לאן מועדות פניך. אין רצוני אלא לברוח הרחק הרחק, ואין זה משנה לאן..."
"אנו בדרכנו לתרשיש", אמר רב החובל.
יונה אינו נרתע: "אצטרף אליכם לאשר תישאכם הרוח!".
הקברניט שואלו: "מפני מי הינך בורח?"
רב החובל לא העלה על דעתו את התשובה ששמע: "מפני האלוקים אני בורח!"
רב החובל מסרב לצרף את יונה למסע: "חוששני כי אלוקיך ירדוף אחרי ויטביע את ספינתי!"
"אשלם לך ארבעת אלפים דינרי זהב, שוויה של האוניה כולה!" אומר יונה.
יונה שלשל לידיו של רב החובל סכום עתק, ורב החובל השלים את ההכנות האחרונות והרים עוגן בדרכו תרשישה, המקום המבודד בסוף העולם...
הימים הראשונים של המסע עברו בשלווה, ונראה כי הכול מתקדם על פי התכנית... אלא שלפתע התקדרו השמים בעבים, גלי הים התרוממו לגבהים בלתי מוכרים, והאוניה נזרקה בין הגלים כקליפת אגוז, איימה להישבר ולטבוע בכל רגע...
בסערה מסוג זה לא נתקל רב החובל מעודו... די היה במבט חטוף על הים, כדי להבחין שרק ספינתו נמצאת בעין הסערה. מסביב, שטו ספינות אחרות ברוגע ונחת...
הנוסעים אחזו איש איש את פסילי אלוהיו, איש איש את העבודה זרה שלו. הם התחננו, הפצירו והתפללו, אך לשווא!
ויונה הנביא? הוא מבין כי ידו של אלוקיו היא אשר רודפת אחריו ומבקשת לאלצו לבצע את המשימה אשר הוטלה עליו! מה עושה יונה? יורד אל ירכתי האוניה, אל פינה נידחת, שוכב ונרדם... האוניה מיטלטלת בין הגלים האימתניים, עוד רגע קט היא תשבר ותרד למצולות על נוסעיה, ואילו יונה הנביא - ישן...
רב החובל מחפש את יונה, והנה הוא מוצא אותו נרדם בירכתי האנייה... "מה לך נרדם?" – הוא פונה אליו בזעקה – "קום קרא אל אלוקיך!", אולם לא נראה כי יונה מתכנן להיענות לבקשה ולשאת תפילה לאלוקיו...
בינתיים, נמנו נוסעי הספינה להטיל גורל ולברר בשל מי הרעה הגדולה הזאת! הפור נופל על יונה...
הם אינם מסתמכים על גורל אחד, ומפילים גורל נוסף. והתוצאה זהה! עוד גורל עולה, ושוב, התוצאה – יונה.
מלחי הספינה שואלים אותו: "מאין אתה ומה מעשיך?" הוא ממהר להשיב כי עבדו של אלוקי השמים והארץ הוא, עבדו של מי שעשה את הים.
יראה גדולה אוחזת את נוסעי האנייה. הם מתחננים בפניו שיעתיר לאלוקיו שיצילם מרדת למצולות. אולם, תשובתו של יונה היכתה אותם בתדהמה: הוא מציע להם הצעה מחרידה... להטיל אותו הימה.
הם מורידים את יונה, טובלים את מקצת גופו במי הים – והסערה שוככת. מעלים את הנביא לסיפון, ומיד פורצת הסערה במלוא עוזה... שוב מורידים אותו אל המים – ושוב נרגעת הסופה, שוב מוציאים – ושוב משתוללת הסערה. בלית ברירה הם נאלצים לקבל את הצעתו.
יונה הושלך אל הים הגדול, אך לא טבע ... הקב"ה זימן דג גדול והוא בלעו. יונה במעי הדג שלושה ימים ושלושה לילות. בדרך הטבע לא ניתן להתקיים במעיו של דג אפילו דקה... אולם בעבור הקב"ה מאומה אינו בלתי אפשרי.
יונה לא נשא תפילה לאלוקיו... הוא הבין כי פועל הוא נגד רצונו של ה', אולם הוא היה מוכן למסור את נפשו ואת עתידו הרוחני כמו גם הגשמי – למען ישראל!
לאחר שלושה ימים פלטו הדג, ובלעתהו דגה. שם, בין ביצי הדגיגים שבמעיה, יחוש את הצער – ואז ייאלץ לקרוא בשם ה'.
ואכן, הצפיפות היתה נוראה. בגדיו נשרפו בחום ואף שערות ראשו נחרכו... אולם יונה עדיין לא נכנע! הוא ממאן לצאת לשליחותו. למען אחיו היהודים, מוכן הוא לצעוד באש ובמים – במסירות נפש!
לבסוף הוא נאלץ להיכנע... הוא התפלל אל אלקיו להצלתו וקיבל על עצמו ללכת בדבר ה'.
רק אז נצטוותה הדגה להקיאו אל החוף.
כך הגיע יונה לנינוה. מוכה ופצוע, שערותיו חרוכות, אך הוא חי. כעת, היה עליו למסור את דבר ה' לתושבי העיר הגדולה.
היקפה של העיר נינוה היתה מהלך שלשת ימים.
ליונה הנביא נעשה נס וקולו הדהד ברחבי העיר כולה, באוזני כל תושביה, ובכלל זה, הגיע קולו אל אסנפר מלך נינוה: "עוד ארבעים יום ונינוה נהפכת!"
הקריאה מהדהדת ויונה ממתין לראות האם אנשי יצייתו נינוה לדבר האלוקים או שמא יבוזו לדבריו?
מיד כשמוע המלך את קריאתו של יונה, עמד מכסאו, פשט את בגדי מלכותו, לבש שק, הכריז על תענית בת שלושה ימים – לאדם ולבהמה, ועורר את בני עמו לתשובה שלמה!
מפיהם של אנשי נינוה – מכולם כאחד – פרצה תפילה אל אלוקי האמת (יונה ג', ח'): "ויקראו אל אלקים בחזקה". הם הגביהו את תינוקותיהם ואת ילדיהם הרכים והתחננו בזכותם: "אם אנו חטאנו – אלו מה חטאו? עשה למענם, אם לא למעננו!..."
גם את העגלים הקטנים הוציאו אנשי נינוה מרפתותיהם, כדי שיראו את אימותיהם, אולם לא איפשרו להם לינוק מהן. כך הכריזו אנשי נינוה, בנושאם את כפיהם לשמים: "ריבונו של עולם, אם אין אתה מרחם עלינו – אין אנו מרחמים על אלו!" (תענית ט"ז, א').
אנשי נינוה לא הסתפקו בתפילה בלבד. הם גמרו אומר לשוב בתשובה ולתקן את דרכם. ואכן, הם חוללו מהפך מוחלט בכל אורחות חייהם.
אחד העוונות הבולטים, אשר קטרג על אנשי נינוה היה עוון הגזל. הם החזירו את הגזל באופן מלא. אפילו חוט גזול נפרם מתוך הבגד, למען השיבו לבעליו.
ואכן, כשראה ה' כי שבו אנשי נינוה מדרכם הרעה, וגמרו בליבם לדבוק בדרך הטובה: "וינחם האלוקים על הרעה אשר דבר לעשות להם, ולא עשה".
יונה נוכח כי הציל המוני בני אדם ממוות, והיינו מצפים כי ודאי ישמח ויעלוז על כך. אולם יונה יצא מן העיר, פרץ בבכי ופרש את כפיו כלפי מעלה: "ריבונו של עולם, הלא בדיוק מפני זה חששתי! כי אנשי נינוה ישובו בשומעם את דברי. הלא ידעתי כי תקבל את תשובתם, וכי מעתה יהיה קטרוג גדול על עם ישראל, אשר אינם שבים, אף ששומעים את דברי מוכיחיהם בשער! אויה לי שראיתי בכך – טוב מותי מחיי!!..."
הקב"ה הצמיח בין לילה קיקיון – צמח בעל עלים גדולים ורחבים – שסוכך על יונה בעד קרני השמש הקופחת, והצל את מקום מושבו הלוהט.
צל נפלא הטיל הקיקיון. עליו הגדולים, אשר בצילם יכולים היו להסב ארבעה אנשים, מנעו מהשמש להכביד על יונה, והנביא שמח בו שמחה גדולה.
אלא שהקיקיון לא האריך ימים... למחרת בבוקר, עם שחר, זימן הקב"ה תולעת אשר כירסמה את הקיקיון. כאשר החלה השמש קופחת, מצא יונה את עצמו חשוף לחום הנורא...
זבובים ויתושים הציקו לו, פצעו את גופו וטרדו את מנוחתו... החום היכה בו במלוא עוזו, עד ששאל את נפשו למות...
כאן מלמד הבורא את נביאו מוסר:
"חס הנך על הצמח אשר הצל על ראשך. מעתה, אם כל כך חס הינך על צמח שלא אתה זרעתו ולא אתה עמלת בו, מאליו הוא צמח ביום אחד – ומאליו נלקח למחרתו, כיצד תצפה שאני לא אחוס על נינוה העיר הגדולה, על תושביה, על כל בריותיה הרבות?"
ואכן, קיבל יונה הנביא את תוכחתו של הבורא, אולם בקשה אחת היתה בפיו, בקשה החותמת את האירוע כולו: "הנהג את עולמך במידת הרחמים!" – ביקש הנביא מאלוקיו, ובקשתו התקבלה.